新科研人员开发针对单细胞RNA测序数据的剪接分析新工具
RNA可变剪接是基因转录后调控的重要过程，其中蕴含转录本结构和功能多样性信息，是细胞转录异质性的重要来源。单细胞RNA测序技术因测序深度低、数据噪音及缺失率高等问题，在单细胞尺度精确量化可变剪接事件中...
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了...
研究揭示RNA聚合酶II精准解码“剪接密码”
在人类基因组中，超过95%的基因都含有内含子，这些非编码序列必须被准确剪除，才能生成具有功能的成熟mRNA。然而，基因组中存在大量“假剪接位点”，它们在序列上与真实的剪接位点高度相似，不具备真正的剪接...
甘蔗多组学整合数据平台发布
甘蔗是重要的经济作物，其基因组高度复杂，包含多倍体、高杂合性及非整倍体，且遗传背景狭窄，严重制约了基因功能解析与育种发展。近年来，甘蔗遗传学研究取得显著进展，亟需一个整合多维组学数据的资源平台，支撑提...
研究揭示染色质高级结构在细胞核内定位的调控机制
染色质在细胞核内的三维空间分布对基因表达调控、DNA复制和DNA损伤修复等生命基本活动至关重要。但是，传统的Hi-C技术仅能测量染色质片段间的相互作用频率，无法直接提供染色质形成的高级结构在细胞核内的...
研究揭示植物中DNA半甲基化稳态维持的机制
DNA甲基化是调控基因表达的重要表观遗传机制，哺乳动物中主要发生在CG位点，复制后形成半甲基化状态，并由甲基转移酶维持。植物中DNA甲基化可发生在任意胞嘧啶，尤其在CG和CWG位点水平较高，且可能广泛...
研究开发出细胞身份鉴定新型AI引擎
随着单细胞和空间组学技术的快速发展，公开可共享数据量已突破亿级大关。然而，技术平台产生的差异、复杂疾病状态、跨物种研究带来的批次效应和离群细胞等，对数据解读构成挑战。面对动辄百万规模的离群细胞，传统的...
研究揭示并校正多组学数据中细胞周期干扰效应
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）蔡军团队联合中国农业科学院北京畜牧兽医研究所郑彩宏团队，以干细胞与分化细胞为模型，梳理了细胞周期结构差异对多组学数据解释的全局性影响，构建了针对不同...
DNA数据活字存储打印系统研发成功
在大数据时代，全球数据量呈指数级增长，海量数据是AI解锁大模型的钥匙。当前，硬盘、磁带、U盘等硅基存储介质存在寿命短、能耗高、占用空间大等问题，难以满足日益增长的数据存储需求。 DNA作为天然的数据信...
研究揭示RNA m5C修饰调控造血干祖细胞扩增机制
5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰是RNA最普遍的修饰之一。m5C修饰通过影响RNA出核、稳定和剪接等过程来参与多种生物学功能。造血干祖细胞为支持生命持续，分化为各种类型的血细胞，是维持血液系统正常功能的核...