泛基因组研究揭示黄瓜”走遍全球”的基因秘密
文章导读
单一参考基因组难以捕捉黄瓜适应全球环境的遗传差异，结构变异究竟如何塑造早花、抗病与果长等重要性状？中国农业科学院蔬菜花卉研究所组装125份高质量基因组，构建迄今规模最大、质量最高的黄瓜泛基因组，揭示CsFT串联重复驱动早花适应，并克隆出参考基因组中“隐性丢失”的抗病基因CsCcu及受稀有变异调控的果长基因CsSPL1，为分子设计育种提供新工具。
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近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所揭示了结构变异驱动黄瓜适应性进化与性状演化的遗传机制。相关研究成果发表在《自然·遗传学（Nature Genetics）》上。
黄瓜是世界上种植最广泛的蔬菜作物之一，约3000年前由野生祖先驯化而来，此后传播至全球并分化出多种生态型，但其地理适应与重要农艺性状分化的遗传基础长期不清楚。结构变异与基因拷贝数变异在作物适应性进化和性状演化中发挥重要作用，但在黄瓜中研究报道较少，且单一参考基因组难以对其全面捕获与解析。
该研究组装125份黄瓜高质量基因组，构建了迄今规模最大、质量最高的黄瓜泛基因组，系统刻画了结构变异与基因拷贝数变异的全貌，发现CsFT串联重复变异是驱动黄瓜早花适应的遗传基础，并首次克隆了参考基因组中已“隐性丢失”的黑星病抗性基因CsCcu和受稀有变异调控的果长基因CsSPL1。该研究为黄瓜分子设计育种提供了系统性基因组工具箱，也为揭示结构变异驱动作物适应性演化提供新视角。
该研究得到国家重点研发计划、中国农业科学院青年创新项目等支持。（通讯员 陈旭）
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41588-026-02682-z
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原来黄瓜也有“全球旅行史”
这个研究太硬核了，点赞