东南大学珊瑚基因组组装质量全球领先

图1.Pocillopora verrucosa基因组组装结果及质量评估

图2. Pocillopora verrucosa基因组基础参数及提供机构

图3. 东南大学组装的Pocillopora verrucosa基因组是NCBI新一代染色体组装水平的

两个造礁珊瑚旗舰基因组之一。

（通讯员 红奋）Pocillopora verrucosa（疣状杯形珊瑚）是重要的礁前珊瑚，分支粗壮，生长快速，其个体最大直径可以生长到2米以上，具有形成生物水下消波块的能力，对生物造礁、护礁、固礁至关重要，是海洋建设土交材建工程的良好补充。2024年7月7日，NCBI (National Center for Biotechnology Information)公布了全球旗舰基因组质量排名 (NCBI RefSeq), 东南大学组装的造礁珊瑚 (Pocillopora verrucosa, GCF_036669915.1) 基因组被排在首位[1, 2], 其测序、排污、组装、注释质量全球最佳[3]。

从2022年开始，生物基因组研究进入了颠覆性质变时代。造礁珊瑚是珊瑚礁生态修复的核心物种，具有与虫黄藻等多种共生生物终生共同生存的特点。该特点使得其基因组是动物界中最难组装到染色体水平的基因组。东南大学数字医学工程全国重点实验室陆祖宏、何春鹏课题组，根据造礁珊瑚的生物学特性，提出了造礁珊瑚基因组测序、排污、组装、注释的9步法工作流程，构建出了目前国际最优的造礁珊瑚基因组[2]。目前，NCBI共发布了88个造礁珊瑚基因组，其中，只有26个组装到了染色体水平[2]。在这26个基因组中，Wellcome Sanger Institute（桑格研究所）发布了19个（18个NCBI参考基因组），东南大学提供了4个（1个NCBI旗舰基因组，3个NCBI参考基因组）[2]。

项目主要参与人员：陆祖宏、何春鹏、黄万龙、韩婷玉、王冰、李一鑫、郭卓君、刘云卿、毕长伟、鲁娜。

1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_036669915.1/

2.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon=6125

3.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/annotation_euk/Pocillopora_verrucosa/GCF_036669915.1-RS_2024_06/

供稿：数字医学工程全国重点实验室

（责任编辑：周子琪 审核：宋健刚）