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中国科学院海洋研究所拥有实验海洋生物学、海洋生态与环境科学、海洋环流与波动、海洋地质与环境、海洋环境腐蚀与生物污损5个中科院重点实验室以及海洋生物分类与系统演化实验室、深海研究中心，建有国家海洋腐蚀防护工程技术研究中心、海洋生态养殖技术国家地方联合工程实验室、海洋生物制品开发技术国家地方联合工程实验室3个国家级科研平台，牵头组建青岛海洋科学与技术国家实验室的海洋生物学与生物技术、海洋生态与环境科学2个功能实验室，设有学会联合办公室、文献信息中心、科考船运行管理中心、公共技术中心、海洋科学大数据中心、海洋观测网络管理中心、中科院海洋生物标本馆7个研究支撑单元。

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