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中国科学院新疆生态与地理研究所面向国际干旱区生态、环境、资源领域科技前沿，面向国家“丝绸之路经济带”建设重大需求，面向新疆社会稳定与长治久安主战场，围绕自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育和区域可持续发展等重大问题，开展“丝绸之路经济带”生态与环境监测和评估、新疆和中亚矿产探测与环境治理、干旱区战略生物资源可持续利用、新疆农牧民增收和区域发展等研究。

中国科学院新疆理化技术研究所研究所主要研究领域包括:维吾尔药现代化、可食植物资源的可持续利用、绿色化学化工、功能材料与器件、固体辐射物理、特色矿产资源开发、多语种语音识别、多语种软件开发及电子政务等。