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中国科学院合肥物质科学研究院是中国科学院所属最大的综合性科研机构之一。

中国科学院苏州生物医学工程技术研究所（以下简称“苏州医工所”）是中国科学院唯一以生物医学仪器、试剂和生物材料为主要研发方向的国立研究机构，由中国科学院、江苏省和苏州市人民政府三方共同出资建设。

中国科学院苏州纳米所通过前沿学科交叉，把纳米科技与信息科学，生命科学和物理以及化学等学科结合起来，实现微电子技术到纳米电子技术的无缝过渡；开发智能型微观医疗诊断技术和微观治疗技术。研究内容：研究新型的电子，离子和带电分子在固体，液体和大分子中的运动方式，来设计新的固体纳米器件，合成新型分子器件和分子互联线，在此基础上通过模仿人类和其他动物对外界信息的接收处理方式来设计构造新型计算机；利用纳米材料生长技术和纳米器件制造技术，利用相位控制工程，研究和开发纳米尺度二维和三维无源或有源的声场，毫米波，红外光波，紫外和X射线的相控发射，接收和成像系统。利用这种系统，结合动物昆虫的复眼等仿生技术，对运动目标进行全息成像，关联存储，模式识别，形成对多个运动目标的闭环监控，这将成为微观医疗设备领域，航空航天，汽车防撞系统和人工智能机器人等领域的关键技术。利用高精度纳米材料生长和工艺技术手段，来改进传统微电子产品的制造工艺，提高集成电路产品性能，特别是提高微电子产品的可靠性。

中国科学院紫金山天文台（以下简称“紫台”）前身是1928年2月成立的国立中央研究院天文研究所，1950年5月20日更名为中国科学院紫金山天文台。紫台是我国自己建立的第一个现代天文学研究机构，被誉为“中国现代天文学的摇篮”。

中国科学院南京地理与湖泊研究所，前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，目前是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的国立综合研究机构，主导着中国湖泊科学的发展方向，并在国际上具有重要影响。

中国科学院南京土壤研究所（简称南京土壤研究所）成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。

中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。

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中国科学院城市环境研究所：研究重点领域：1.城市生态健康与环境安全；2.城市环境污染控制与资源化技术；3.城市环境工程与循环经济；4.城市生态环境规划与管理。

中国科学院宁波材料技术与工程研究所（简称宁波材料所）位于宁波市高教园区北区，是中国科学院在浙江布局建立的首家国家级研究机构，是中国科学院与地方政府共建直属科研机构。

中国科学院福建物质结构研究所

研究院聚焦空间科技、交叉前沿与先进制造、信息科学与技术、能源与环境、健康科学与技术等领域，定位于开展原始创新研究，为战略新兴产业提供核心技术和集成技术解决方案，探索科技与经济、教育、金融、文化结合的发展模式。